Independentemente de a empresa beneficiária de indébitos tributários optante pelo lucro presumido realizar suas apurações com base no regime de competência ou de caixa, a escrituração contábil deve ocorrer segundo o regime de competência (Lei n° 10.406/2002, Art. 1184; Lei n° 6.404/1976, Art. 177; Pronunciamento CPC PME, item 2.36; Pronunciamento CPC 26, itens 27 e 28).
Neste sentido, na data da habilitação dos créditos junto à Receita Federal, devido ao elevado grau de liquidez e certeza, precisaria ocorrer o reconhecimento contábil dos impostos indevidos que foram pagos a maior, normalmente com débito no ativo circulante e não circulante (impostos a recuperar, em outros créditos) e crédito no resultado (recuperação de despesas, em outras receitas).
Em seguida, de acordo com as PER/DCOMPs, bastaria que fossem reconhecidas as baixas do ativo contra a conta passiva de controle do tributo a pagar, que é alvo de liquidação por compensação de créditos, sendo que a conta ativa ainda sofreria atualização, cujo reflexo ocorreria contra o resultado (receitas financeiras).
É preciso que se tenha em mente que apenas se a habilitação dos créditos junto à Receita Federal tivesse ocorrido em exercício anterior caberia o trânsito da receita diretamente pelo patrimônio líquido (como ajustes de exercícios anteriores), em vez de no resultado (outras receitas).
Quanto às incidências, propriamente ditas, no lucro presumido, a recuperação de despesas e das respectivas atualizações não integram a base de cálculo das contribuições sociais devidas ao Pis e à Cofins (Lei n° 9.718/1998, Art. 2°).
Por fim, no que diz respeito à apuração do IRPJ e da CSLL, a recuperação de despesas usualmente não sofre a incidência de IRPJ e CSLL (RIR/2018, Art. 595, § 9°; IN RFB n° 1700/2017, Art. 215, § 3°, IV), mas a atualização dos créditos seria alcançada pela incidência normal (RIR/2018, Art. 595; IN RFB n° 1700/2017, Art. 215, § 3°, I).